Мутанты и люди неплохо ладили друг с другом, проживая бок о бок в Нью-Йорке. Но затем Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло обнаружили, что несколько партий мутагенной слизи были разбросаны по городу, что привело к его загрязнению. Казалось бы, все не так плохо, пока герои не осознали, что это происшествие стало причиной появления новых мутантов, так называемых Mewbie. Не все Mewbie злые, но некоторые из них сбились с пути, отчего люди больше не чувствуют себя в безопасности. Присоединяйтесь к легендарным братьям-Черепашкам, живущим в канализации, и отправляйтесь в новое захватывающее приключение.