Touhou: New World возвращает игроков в Генсокё, сверхъестественный мир, который люди и духи, известные как ёкаи, называют своим домом. Несмотря на то, что жизнь жителей далека от идиллии, она относительно спокойна; но так было до тех пор, пока мистический барьер, защищающий Генсокё, не был нарушен посторонним. Жрица Рейму и её подруга-волшебница Мариса должны раскрыть истинный источник хаоса и восстановить мир в обоих мирах, уклоняясь от шквала магических пуль и сражаясь с целым зверинцем мистических существ.