Сюжет Clash II разворачивается в тёмном мире, в котором на протяжении многих лет велись сражения между захватчиками, носящими знаки Единого, называющими себя Чистыми, и людьми, которые населяли волшебные земли континента на протяжении многих поколений - Древними. Растущий конфликт снова переносит нас в центр сражений между двумя фракциями. Действие разворачивается спустя десятилетия после событий первой части, и Чистые остаются доминирующей силой, завоёвывая всё больше регионов континента.