События игры Crystal Matrix разворачиваются в 2123 году. По сюжету человечество переживает критический энергетический кризис, приведший к обесточиванию обширных территорий планеты. Поиск альтернативных источников энергии привел к открытию планеты Геракл, где исследовательские группы зарегистрировали необычные энергетические явления. С этого момента и начинается самое интересное, но то, что вы сможете открыть дальше, точно вас поразит.