Возле родного города главной героини Ризы (Ryza) появляется группа островов под названием Острова Карка (Kark Isles). Увидев в этом угрозу своему дому, Ryza и ее друзья исследуют острова и находят там руины с воротами. Подойдя к воротам, Ryza слышит голос, призывающий ее добраться до Кода вселенной (Code of the Universe). Что скрывается за воротами и что значит «Код вселенной» (Code of the Universe)? Чтобы спасти свой дом, Ryza с друзьями отправляется в приключение, где будут задействованы ключи [Key] и основы алхимии. В игре нет переходов между картами, благодаря чему игроки перемещаются между областями без