В основе Mushroom Musume лежит концепция опеки, а вы примете на себя роль протагониста-Отшельника. Ему доверена уникальная задача: вырастить разумное грибное существо из споры, полученной в дар от Лесной Ведьмы. Вся траектория развития и становления подопечной определяется исключительно последовательностью принимаемых решений, что в итоге приводит к одному из множества возможных финалов.